量子力学有个“不确定性”原理，这是自然规律设置的，关于测量精度的上限，与测量仪器无关，大体含义是，如果你测量一个系统，就必然会干扰这个系统，从而造成测量结果的“不准确”，”亦即当你观测它时，它的状态就被改变从而造成观测结果的不准确。一切都是“观测结果”。
在科学史上，还没有任何一个理论比量子力学带来的哲学困惑更基本，也没有任何一个理论像量子力学那样，从其诞生之日起一直到有了惊人应用前景的今天，还伴随着激烈的哲学争论。
相对于人类而言，朴素的实在论是与人的日常生活相符合的很自然的态度，就像动物的本能一样。但是在科学中，科学家通常与超出日常生活之外的现象打交道，需要借助特定的抽象理论才能达到对所观察到的现象的说明。是理论拯救了现象，而不是从现象中归纳出理论。这样，客观性问题就变的复杂起来，现象背后是否存在一个不依赖于观察者的客观世界，就成为一个无法逃避的问题。
量子力学诞生前，科学家有两个共同的基本信念：一是相信自然现象的发生都是有原因的，有规律可循的。相同的实验条件必然得到相同的实验结果，既决定论的因果性观念；一是相信科学理论都是对现象背后的客观世界的规律的解释，科学的目标在于掌握规律，作出预言。然而量子力学一开始就从根本意义上对这两种信念提出了挑战。正如波恩所说“从我们的量子力学的观点来看，在任何一个个别的情形里，都没有一个量能够用来确定碰撞的结果；不过迄今为止我们在实验上也没有理由相信，原子会具有某种内部特性，能够要求碰撞有一个确定的结果......我自己倾向于在原子世界里放弃决定论。但是这是一个哲学问题，只靠物理学的论证是不能决定的。”
如果物理学家完全接受量子力学波函数的概率解释，那么就意味着降低了科学的预言能力，“而是像算命先生一样，只能说一些模棱两可的话，从而使科学变成一项追求不确定性的一项事业。”另一方面，如果我们认为量子力学真实的描述了现象背后的世界，那么那个神秘的世界确实让人难于想象。反之，如果认为量子力学没有描述现象背后的世界，那么就颠覆了科学家长期信奉的科学研究传统，这正是量子力学带来的哲学困惑之一。
另一个困惑是由量子测量导致的。测量的结果概率是一个数学量而不是一个物理量，是主体与客体通过测量相互作用的一个综合结果，量子力学是研究主体与被研究客体之间相互关系与作用的规律。量子测量中，主体与客体的分界线变得模糊不清了，量子力学不再是客观的，还包含主观的因素。“量子力学的建立，是以放弃对于物理现象的客观处理，亦以放弃我们唯一的区分观测者与被观测者的能力为代价的”
量子力学告诉我们，仅凭日常生活经验我们无法理解我们根本无法体验的微观世界的，量子世界在本质上是随机的，也是整体的，微观粒子是抽象空间的存在，它的演化遵循的是统计因果性的规律。与此同时，量子力学还似乎告诉我们，物质的实在性存在于观察中，不存在一个与我们的精神世界并行的客观独立的物质世界。我们所描述的物质世界是依赖于我们的精神世界而存在的，量子之间呈现的超距同谋是个体生命意识活动的综合反映，世界的实在性扎根于个体生命中的感受和理解中。
